Ett internationellt forskarlag har kartlagt närmare 55 000 varianter av RNA-virus i och omkring 102 städer. Ungefär 77 procent hade inte tidigare observerats. Kartläggningen, där forskare från Lunds universitet medverkar, visar hur mycket som återstår att upptäcka i den mikroskopiska värld som omger oss.
Studien bygger på analyser av 2 922 miljöprover från 31 länder. Materialet omfattar bland annat offentliga miljöer som kollektivtrafikstationer, sjukhus och banker, tillsammans med prover från städernas omgivningar.
Forskarna har sammanställt resultaten i en atlas över RNA-virus. Totalt innehåller den 54 945 genetiskt avgränsade virusvarianter, varav drygt 42 000 saknade motsvarigheter bland tidigare kända sekvenser i jämförelsen. Resultaten publicerades i juli i Nature Communications och uppmärksammades på nytt i svensk forskningsrapportering i september.
Prover från räcken, bänkar och biljettmaskiner
En del av underlaget kommer från det internationella forskningssamarbetet MetaSUB. Under 2020 samlades prover in från ytor som människor ofta vidrör, exempelvis räcken, bänkar och biljettmaskiner.
Forskarna kompletterade materialet med tillgängliga sekvensdata från andra miljöer, däribland jord, vatten och avloppsvatten. Genom att analysera RNA i proverna kunde de identifiera genetiska spår av virus och undersöka hur dessa skiljer sig mellan olika platser.
Kartläggningen breddar också bilden av virusens evolutionära släktskap. Forskarna identifierade grupper som kan representera tidigare obeskrivna grenar i RNA-virusens släktträd. Deras klassificering behöver dock undersökas vidare.
Okända virus betyder inte nya sjukdomshot
Den stora mängden tidigare okända virusvarianter kan låta oroande. Men upptäckterna innebär inte att forskarna har hittat tiotusentals nya virus som gör människor sjuka.
De flesta virus infekterar inte människor. En miljöanalys som identifierar genetiskt material visar inte heller i sig att det finns smittsamma viruspartiklar på platsen eller att människor riskerar att insjukna.
Det är därför viktigt att skilja mellan en kartläggning av virusens mångfald och en undersökning av faktisk smittrisk. Den här studien handlar framför allt om den första frågan.
Städer kan ha olika virala fingeravtryck
Virusvärlden ser inte likadan ut överallt. Geografi, lokala miljöer och mänsklig aktivitet påverkar vilka viruspopulationer som förekommer.
Enligt Lundaforskaren Eran Elhaik kan skillnaderna fungera som ett slags viralt fingeravtryck för en plats. På sikt kan sådan kunskap få betydelse för exempelvis miljöövervakning och kriminaltekniska undersökningar, enligt forskning.se:s rapportering om kartläggningen.
En referenskarta skulle kunna hjälpa forskare att upptäcka förändringar i en miljö. Den skulle också kunna ge ytterligare ledtrådar om var ett föremål har befunnit sig.
Det är möjliga användningsområden som behöver utvecklas och utvärderas. Kartläggningen ska inte läsas som en aktuell smittprognos för de undersökta städerna. Dess främsta bidrag är ett betydligt större underlag för att förstå vilka virus som finns omkring oss och hur deras förekomst varierar.